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動物および植物の全ゲノムリシーケンス

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表。 HiSeq X Ten の植物全ゲノムシーケンスの代表的なデータ品質の結果
検体 生塩基(bp) クリーン塩基(bp) 有効率 (%) エラー率 (%) Q 20 (%) Q 30 (%) GC 内容量 (%)
1 58,254,060,000 55,718,217,300 95.65 0.03 96.91 92.86 36.71
2 48,999,575,100 48,813,596,700 99.62 0.03 95.50 90.56 36.77
3 62,424,593,400 59,089,362,000 94.66 0.03 96.22 91.64 37.47
4 47,131,144,200 46,938,246,300 99.59 0.03 95.25 90.13 37.50
5 47,767,277,700 47,665,563,900 99.79 0.03 96.47 91.89 37.55
6 46,121,013,900 46,029,951,300 99.80 0.03 96.68 92.34 37.91
7 43,359,441,600 43,264,053,900 99.78 0.03 96.56 92.02 38.09
8 42,028,694,700 41,925,456,600 99.75 0.03 96.25 91.51 38.34
9 47,653,513,800 41,560,274,400 99.80 0.03 96.79 92.54 38.42
10 42,083,946,900 41,940,697,500 99.66 0.03 96.59 92.12 39.67

プロジェクトの例

以下の研究で、Novogene のシーケンスサービスが用いられました。

Population genomics reveals low genetic diversity and adaptation to hypoxia in snub-nosed monkeys
Molecular Biology and Evolution 33 (10): 2670-2681 (2016)

この研究では、研究者はNovogeneのイルミナ HiSeq プラットフォームを 4 種のシシバナサル 38 頭の全ゲノムのシーケンスとその後の集団ゲノム解析に用いました。選択した中からいくつかの低酸素症関連の遺伝子が、黒毛のシシバナサルで特定されました。複数のシシバナサルのゲノムのリシーケンスと再構築に関する本研究では、これらのサルの系統発生関係、遺伝的多様性、気候順応、そして各個体群の研究と進化に関する初のゲノム情報を提供します。

動物および植物のリシーケンス 図 1

図。シシバナサルの地理的分布、系統発生、集団構造

Novogene のサービスを使用した出版物の一例

会誌
Nature Genetics, 45:51-58 (2012) The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and re-sequencing of 20 diverse accessions.
Nature Genetics, 45:1431-1438 (2013) Genomic analysis identifies distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars.
Current Biology, 23:1031–1035 (2013) The genetic basis of white tigers.
Nature Genetics, 46:1303-1310 (2014) Whole-genome sequencing of the snub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutionary history.
Molecular Biology and Evolution, 33:1337-1348 (2016) Genomic analyses reveal demographic history and temperate adaptation of the newly discovered honey bee subspecies apis mellifera sinisxinyuan n. ssp.
Molecular Biology and Evolution, 33:2576-2592 (2016) Whole-genome sequencing of native sheep provides insights into rapid adaptations to extreme environments.
Molecular Biology and Evolution, 33:2670-2681 (2016) Population genomics reveals low genetic diversity and adaptation to hypoxia in snub-nosed monkeys.