最先端のゲノムサービスおよびソリューション

ChIP-Seq

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ChIP-Seq サービスChIP-Seq は、ヒストン修飾、転写因子、およびその他の DNA 関連タンパク質における DNA ターゲットのゲノム全体のプロファイリングを提供します。それは、特異的に結合されたタンパク質-DNA複合体のクロマチン免疫沈降(ChIP)による選択性と次世代シーケンスのハイスループットシーケンスの両方の利点を合わせております。さらに、タンパク質-DNA 複合体が生細胞から回収されるので、異なる細胞型または組織あるいは異なる条件下で、結合部位を比較できます。

ChIP-Seq では、豊かな DNA 領域(タンパク質結合部位)はバックグラウンドとなるリードより上部のピークとして検出され、これらの領域のバイオインフォマティクス解析は結合モチーフを示すことができます。用途には、遺伝子調節、転写複合体アセンブリ、ヒストン修飾、発育のメカニズム、および疾患過程に関する研究があります。Novogene は、お客様の ChIP-Seq プロジェクトで高品質のシーケンスと総合的なバイオインフォマティクス解析をお届けします。

Novogene はまた、他の種類の IP-シーケンスで、シーケンスサービスとバイオインフォマティクス解析を提供します。詳細はお問い合わせください。

Novogene の強み

  • 優れた費用対効果: ChIP-chip に必要な DNA の量のわずか 1/100 を使用して、迅速かつ効率的に複数の検体ゲノム全体をプロファイリング。
  • 総合的な解析:専門家によるバイオインフォマティクス解析は、広く普及している MACS2 ソフトウェアと最新のプログラムを、モチーフ予測、ピークアノテーション、機能解析、データ視覚化のために利用します。
  • 専門家によるバイオインフォマティクス: Chip-Seq データ解析を行うチームの全員が博士号を持っています。

プロジェクトのワークフロー

ChIP-Seq サービスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • インサートサイズが100~350 bp のDNA ライブラリ(ピーク分布による)
  • HiSeq プラットフォーム、シングルエンド 50 bp

サンプル条件

  • DNA 量 ≥ 50 ng、メインバンドは100~500 bp
  • OD260/280 ≥ 1.8~2.0(分解または RNA のコンタミがないこと)

納期

  • 検体の質を確認後 15 営業日(データ解析なし)

推奨されるシーケンス深度

  • ≥ 20 M リード

解析パイプライン

ChIP-Seq サービス解析パイプライン


表。NovogeneのChIP-Seq サービスのデータ品質を示す代表的な検体。
検体生リード低品質変性超短トリム後トリム前クリーンリードクリーン率 (%)
検体 1216186314322076820791420703080208680642157114499.78
入力制御303007902169210383255888869766294041613027392799.91

プロジェクトの品質管理の結果:生リード、トリム後のリード、生対クリーンの比率。

鎖の相互相関評価曲線

図。鎖の相互相関評価曲線

x軸は前方の鎖と反対側の鎖の間の距離(nt)を表し、y軸はピアソンの相関係数を表します。

ChIP-Seq ピーク

図。ピーク幅の配布

x軸はピーク幅を表し、y軸はピークカウントを表します。

モチーフ予測の結果

図。モチーフ予測の結果

モチーフ検索ソフトウェアによって予測されるベースコール。右のベースコールは、逆相補鎖でした。