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LncRNA シーケンス

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lncRNA シーケンス長鎖非翻訳RNA(OR長鎖ノンコーディングRNA)(LncRNA)は、タンパク質をコードしない 200 nt より長い転写された RNA です。LncRNA は、X染色体の不活性化、インプリント、多能性の維持、分化決定、アポトーシスなどの広範にわたる重要な細胞プロセスに関与しています。LncRNA は、がん、心血管疾患、神経疾患のようなヒトの疾患と関連することでも知られ、研究者が大いに興味を示すところです。

全員が博士号を持つ Novogene のバイオインフォマティクスチームは、lncRNA と mRNA の総合的な解析を提供することで、1 回のシーケンスの実施で lncRNA や mRNA の情報にアクセスできます。用途には、様々な成長段階および様々な組織の lncRNA と mRNA の発現の比較、および mRNA と lncRNA の主要機能を明らかにすることが含まれます。

Novogene の強み

  • 幅広い経験 何千もの検体でシーケンスを実施。
  • 比類ないデータの質Q30 スコア ≥ 80% を保証し、イルミナの公式保証を上回っています。
  • 総合的な解析 広く普及している主流ソフトウェアと安定した社内パイプラインを使用しています。
  • 無料で強力な Novofinder ソフトウェア Novogene のお客様はユーザーフレンドリーなインタフェースで容易にデータ解析結果とアノテーションにアクセス・視覚化できます。

プロジェクトのワークフロー

LncRNA シーケンスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • 250~300 bp 挿入 ストランド特異的なライブラリ(rRNA を除去)(Ribo-ZeroTM Magnetic キット)
  • HiSeq プラットフォーム、ペアエンド 150 bp

データ品質保証

  • シーケンス品質スコアに基づく割合から測定した Novogene のデータの質は Q30 を上回り(PE150、≥ 80%)、イルミナが公式に保証する PE150、≥ 75% を超えています 。Novogene の高品質データの例をご覧ください。

サンプル条件

  • 総 RNA 量:≥ 4 μg; RNA 濃度:≥ 50 ng /μl
  • 植物と真菌の RIN 値は ≥ 6.3、動物の RIN 値は ≥ 6.8
  • 純度:OD260/280 ≥ 2.0、OD260/230 ≥ 2.0(分解または DNA のコンタミがないこと)
  • FFPE 検体:> 10 スクロールまたはスライド。検体は、ゲル電気泳動による検査で、予め要件を満たす必要があります。

納期

  • 検体の質を確認後 15 営業日以内(データ解析なし)
  • データ解析の納期は、プロジェクトによります。

推奨されるシーケンス深度

  • ≥ 10 Gb データ

解析パイプライン

lncRNA シーケンスの解析パイプライン

表。Novogene からの lncRNA シーケンス(PE 150)の代表的なデータ品質結果
検体名生リードの数クリーンリードの数クリーン塩基エラー率 (%)Q 20 (%)Q 30 (%)GC 内容量 (%)
検体 111872676611742406817.61G0.0197.7094.0952.33
検体 213394847413248170219.87G0.0197.8594.4050.66
検体 314428543014269617621.4G0.0197.8494.4252.15
検体 413306691413208679419.81G0.0198.2795.5049.99
検体 513357027813180171819.77G0.0198.2895.4953.05
検体 611140069810773277616.16G0.0197.8294.3151.56

プロジェクトの例

以下の研究は、Novogene の専門家による lncRNA シーケンスサービスを利用しました。

Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells
Nature Structural & Molecular Biology 20, 1131–1139 (2013)

個々の細胞の遺伝子発現を測定することは、ヒトの胚発生を制御する遺伝子制御ネットワークを理解するために不可欠です。ここでは、様々な経路でヒト着床前胚とヒト ES 細胞(hESC)から得た 124 個の個別細胞に対して、シングルセル RNA シーケンスの解析を行います。データセットで検出される母方で発現した遺伝子の数は 22,687 個(8,701 個のロング非コード RNA(lncRNA)を含む)でしたが、それは cDNA マイクロアレイによって以前に検出された 9,735 個の母系遺伝子から大幅な増加を示しています。Novogeneでは、2,733 個の lncRNA を新たに発見しましたが、その多くは特定の発育段階に発現しました。ヒトの胚盤葉上層(EPI)と生体外 hESC の遺伝子発現特性が同じかどうかという長期にわたる疑問に対しては、両方で異なる発現を示す 1,498 個の遺伝子では、EPI 細胞と最初の生成物は劇的に異なるトランスクリプトームを持つことがわかりました。本研究は、ヒト初期胚と hESC のトランスクリプトームのランドスケープの総合的なフレームワークを提供します。

lncrna-データ-グラフ
図。
ヒトの着床前発生と hESC の派生間における既知のロング非コード RNA(lncRNA)遺伝子の発現パターン。