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微生物de novo シーケンス

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微生物 de novo シーケンスde novo シーケンスを用いて微生物のゲノム情報 を得ることで、遺伝的構造と機能を調べ、微生物個体群の進化の起源を研究し、さらに薬剤、疾患、農業、環境における様々な微生物の潜在用途を開発する新たなスタートをお届けします。

Novogene はより迅速かつ低価格になりつつある de novo シーケンスの最前線にいます。Novogene の創立者であるRuiqiang Li 博士はゲノム研究では第一人者で、ゲノムアセンブリの SOAPdenovo ソフトウェア・パッケージを最初に開発しました。Li 博士と Novogene チームは今までにないゲノムシーケンスに関する数多くの重要な出版物に貢献し、Novogene は、お客様固有のプロジェクトに必要な高レベルの専門知識を提供できます。

微生物ゲノムでは、Novogene は PacBio とイルミナプラットフォームの両方を使用して、de novo シーケンスサービスを提供します。Novogene では、様々な研究ニーズに合わせて、ゲノムサーベイ、フレームマップ、コンプリートマップ、ファインマップを含む多面的なシーケンスサービスをお届けしています。各プロジェクトで、Novegene の科学者は、対象のゲノムについて最も総合的な de novo アセンブリを成し遂げるために、ショートリードとロングレンジのシーケンス情報の最適な組合せを利用して最高のシーケンス条件を考案します。

Novogene の強み

  • 経験が豊富:2000 件以上の微生物シーケンスプロジェクトを完了しており、一流学会誌へは 20 本出版しました。
  • シーケンスの最大能力:Novogene は、世界最大級のイルミナと PacBio シーケンスによって、高品質のデータ、迅速な納期、低価格を提供することができます。
  • プロジェクトのワークフロー


    シーケンス条件とデータ品質の保証


    ゲノムの特性シーケンスのプラットフォームシーケンス条件提供されるデータのパラメータ用途納期(TAT)
    細菌のフレームマップHiSeq PE150350 bp ライブラリ ≥ 100X-大規模検体、迅速なスキャン25 営業日
    細菌のファインゲノムマップHiSeq PE150350 bp ライブラリ ≥ 100X
    6 Kbp ライブラリ ≥ 100X
    ≤30 スカフォールド中規模の検体、幾分精細なマッピング35 営業日
    細菌のコンプリートゲノムマップPacBio≥ 50X PacBio リード1 スキャフォールド、ギャップがゼロ少数検体、ファインマッピング45 営業日
    真菌サーベイHiSeq PE150350 bp ライブラリ ≥ 100X-ゲノムサイズを推定して、アセンブリの課題を評価します25 営業日
    真菌のフレームゲノムマップHiSeq PE150350 bp ライブラリ ≥ 100X-大量の検体、フレームマップ35 営業日
    真菌のファインゲノムマップPacBio および HiSeq PE150≥ 20X イルミナリード +
    ≥ 70X PacBio リード
    コンティグ N50 ≥ 1Mb
    (ゲノムサイズ < 100 Mb)
    コンティグ N50 > 500Kb
    (ゲノムサイズ ≥ 500 Kb)
    少数検体、ファインマッピング55 営業日

    カスタマイズサービスも、ご請求によりご利用いただけます。詳細はお問い合わせください。

    サンプル条件

    • サーベイ用の DNA 量:≥ 10 µg
    • ゲノムde novoシーケンスの 1 ライブラリごとの DNA 量:≥ 2 µg(イルミナシーケンス用)、 > 20 µg (PacBio シーケンス用)
    • DNA 濃度:≥ 50 ng/µL(イルミナシーケンス用)、> 80 ng/µL (PacBio シーケンス用)
    • 純度:OD260/280 = 1.8 - 2.0 (分解または RNA のコンタミがないこと)
    • *DNA の定量は Qubit 2.0 で行う対象の戦略に必要な総 DNA 量については、Novogene のチームまでお問い合わせください。

以下の研究が、Novogene の de novo シーケンスサービスを利用しました。

Comparative genomics identifies the Magnaporthe oryzae avirulence effector AvrPi9 that triggers Pi9-mediated blast resistance in rice
New Phytologist, 206: 1463-1475 (2015)

真菌 Magnaporthe oryzae に起因するイネイモチ病は、安定した米の生産に対する世界的な脅威ですが、この真菌の毒性メカニズムの詳細はいまだに不明である。本研究で、Novogene の HiSeq プラットフォームを用いて、Magnaporthe oryzae の毒性株と非病原性株にシーケンスを行い、当社の SOAPdenovo プログラムでゲノムの de novo アセンブルを実行しました。比較ゲノミクスの結果では、毒性株中に、非病原性エフェクター AvrPi9 のコーディング領域に配列の挿入を引き起こし、米のPi9 遺伝子によるイモチ病耐性メカニズムを停止させること、が明らかになりました。本研究は、真菌の病原性における重要なメカニズムを解明するために、比較ゲノミクスを de novo 微生物シーケンスデータに適応させる効果を強調しています。


図。Magnaporthe oryzae の AvrPi9 遺伝子座のゲノム構造