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パンゲノムシーケンス

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パンゲノムパンゲノムは、種の範囲内に存在するゲノム全体を一つの集合体で、遺伝子がすべての株に共通に存在する「コアゲノム」遺伝子から株のサブセットあるいは個々の株にのみ存在する「可欠ゲノム」または「固有の遺伝子」まで含まれます。

次世代のシーケンスと最高水準のアセンブリアルゴリズムはパンゲノムマップ構築を可能にし、個々の株もしくは複数の株のゲノムマップ構築は、集団レベルの詳細な遺伝的多様性を調べるかつてない好機を提供します。用途例としては、野生株および変異株で望ましい特性を遺伝的に特定するための繁殖研究、および異なる生息域全体で種の適応進化について調べる分子生態学研究が挙げられます。

Novogene は、パンゲノムマップのアセンブリと解析の草分けであり、かつ世界的リーダーです。パンゲノム研究は一流科学学術誌で発表されています。Novogene はお客様に同じ高品質のデータと解析を提供します。

 

パンゲノム

Novogene の強み

  • 経験が豊富:パンゲノムアセンブリの広範囲にわたる経験と解析はトップクラスの学術誌に発表されています。
  • 費用対効果:パンゲノムは de novo シーケンスよりも低コストで、種全体および株特有の遺伝子の発見が可能です。
  • 総合的なバイオインフォマティクス: 非常によく似ている領域の場合にのみ、遺伝子配列を見逃す可能性があり、構造バリアント(SV)、コピー数の多様性(CNV)、多様性の有無(PAV)を明らかにします。

プロジェクトのワークフロー

パンゲノム解析のワークフロー

シーケンス条件

  • HiSeq プラットフォーム、ペアエンド 150 bp

データ品質保証

手順保証
簡単ゲノムシーケンスパンゲノムフレームワークコンティグ N50 ≥ 10kb、スキャフォールド N50 ≥ 100kb
パンゲノムファインマップコンティグ N50 ≥ 20kb、スキャフォールド N50 ≥ 1Mb
複雑ゲノムシーケンスパンゲノムフレームワークコンティグ N50 ≥ 10kb、スキャフォールド N50 ≥ 50kb
パンゲノムファインマップコンティグ N50 ≥ 20kb、スキャフォールド N50 ≥ 300kb

サンプル条件

  • DNA 量:≥ 400 ng

納期

  • プロジェクトおよび検体数によって異なります。詳細は、までお問い合わせください。

推奨されるシーケンス深度

  • 簡単ゲノム:80X - 100X
  • 複雑ゲノム:100X - 200X

解析パイプライン

パンゲノム解析パイプライン