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シングルセル RNA シーケンス

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シングルセル RNA シーケンス現在は、この分野でNovogeneの専門知識を通じて、研究者はすぐにシングルセルシーケンスを利用いただけます。Novogene は、シングルセル RNA-Seq を含め、シングルセルシーケンスのテクノロジーでは広範な経験をもつ数少ない次世代シーケンスプロバイダーの一つです。Novogene は、お客様に最高品質の増幅、ライブラリ調製、シーケンス、バイオインフォマティクス解析サービスをお届けし、またその結果は一流科学学術誌で発表されています。

シングルセル RNA-Seq は、シングルセルの高解像度トランスクリプトーム・プロファイリングを可能にするため、発達プロセスや遺伝子制御ネットワークを調べたり、細胞培養、組織、器官内の異質遺伝子発現のパターンを明らかにしたりする幅広い実用性があります。用途としては、幹細胞分化、臓器発達または腫瘍進行中の、遺伝子発現の変化をプロファイリングして、環境シグナルや環境条件に対する部分母集団の反応を特徴づけることが挙げられます。

Novogene は、シングルセルのトランスクリプトーム解析では最先端技術を提供しています。

Novogene の強み

  • シングルセル RNA-Seq: Novogene は、技術的な能力と経験、そしてこの分野での出版では最高ランクをもつ、このテクノロジーでは数少ないプロバイダーの一つです。
  • 高度な増幅方法: Novogene はシングルセル RNA 増幅に SMARTer キットを使用することで、増幅コストを下げ、増幅率を改善します。これらは複数の出版物で採用されています。ヒト 末梢血 リンパ球および哺乳類の胚細胞からの増幅の成功率とはそれぞれ、100% と >62% です。
  • 総合的なプロセス: Novogene のシングルセル RNA-Seq サービスは、増幅、ライブラリ調製、シーケンス、バイオインフォマティクス解析を提供します。

プロジェクトのワークフロー

シングルセル RNA Seq サービスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • インサートサイズが250-300 bp のcDNAライブラリ
  • HiSeq プラットフォーム、ペアエンド 150 bp

データ品質保証

  • Q30 ≥ 80%

サンプル条件

  • ソートされたシングルセルは、(1)SMARTer キット(Clontech)からのRNase 阻害薬の溶解バッファ、または(2)全量が ≤ 2 μl の RNase 阻害薬を含む 1X PBS バッファ(カルシウムとマグネシウムを除いて)、の 2 つの方法のうちの 1 つに保管する必要があります。保管されたセルは液体窒素で凍結して、ドライアイス詰めの箱で輸送する必要があります。

納期

  • 増幅:検体の質を確認後 7 営業日以内(データ解析なし)
  • ライブラリの準備とシーケンス:15 営業日以内
  • データ解析の納期はプロジェクトによって異なります。

解析パイプライン

シングルセル RNA Seq サービス解析パイプライン
表。Novogene からのシングルセル RNA-Seq の代表的なデータ品質結果。
検体生リードクリーンリードクリーン塩基エラー(%)Q 20 (%)Q 30(%)GC (%)
検体 1_120594409201325772.52G0.0396.1692.3243.60
検体 1_220594409201325772.52G0.0493.5788.3143.56
検体 2_122213754217393462.72G0.0396.2292.3843.69
検体 2_222213754217393462.72G0.0493.9088.8743.65

プロジェクトの例

以下の研究はシングルセル RNA-Seqで Novogene の専門知識を利用しました。

Tracing haematopoietic stem cell formation at single-cell resolution
Nature 533: 487-492 (2016)

この研究では、Novogene の高度なシングルセル RNA シーケンステクノロジーが、シングルセルおよび一塩基分解能で胚発生段階の、pre-HSC(造血幹細胞)と HSC のトランスクリプトームを調べる際に用いられました。具体的には、研究者は、mTOR(ラパマイシンの機構的な標的)のシグナル伝達が HSC の出現に関与しているが、造血系幹細胞の出現には関与しないことを明らかにしました。Pre-HSCs は、細胞周期状態の顕著な不均一性を示しました。概して、シングルセル RNA シーケンスをシングルセルキャプチャマーカーと組み合わせることで、臨床用途で鍵となる HSC のエンジニアリングの情報を提供することができました。

シングルセル RNA 図1。
図。HSC 形成中の全体的な遺伝子発現動態


Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells.
Nature Structural & Molecular Biology, 20:1131-1139 (2013).

この研究では、ヒトの ES 細胞およびヒトの着床前胚からの細胞の転写プロファイルが、様々な発育段階で調べました。結果は細胞群間の著しく異なる発現パターンを示し、2,000 以上の新しいロング非コード RNA を明らかにしました。

シングルセル RNA シーケンスデータ
図。ヒトの着床前発生およびヒト ES 細胞(hESCs)の派生での発現パターン