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Small RNA シーケンス

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Small RNA シーケンスSmall RNA は、標的 mRNA の翻訳を調整する、ヌクレオチドの長さが 50-250 の一種の非コード RNA です。Small RNA シーケンスとしては microRNA シーケンス(miRNA-Seq)が挙げられますが、これは Small RNA の機能を調べるため、そして、miRNA とそれらの標的遺伝子の制御ネットワークを作成するのに有益な方法です。

Novogene は、siRNA と piRNA を含む、miRNA やその他のタイプの Small RNA における広範な Small RNA シーケンスとバイオインフォマティクス解析を提供します。広範囲な生体系で RNA 研究を支えるために、Novogene の科学者は、SE50 シーケンス条件と広く普及している解析ソフトウェアを用いる最新のイルミナプラットフォームを使用します。詳細はお問い合わせください。

Novogene の強み

  • 幅広い経験 何千もの検体でシーケンスを実施。
  • 比類ないデータの質Q30 スコア ≥ 90% を保証し、イルミナの公式保証を上回っています。
  • 総合的な解析 広く普及している主流ソフトウェアと安定した社内パイプラインを使用しています。
  • 無料で強力な Novofinder ソフトウェア Novogene のお客様はユーザーフレンドリーなインタフェースで容易にデータ解析結果とアノテーションにアクセス・視覚化できます。
  • Small RNA と mRNA 発現の無料の相関解析

プロジェクトのワークフロー

Small RNA シーケンスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • インサートサイズが18-40 bp のcDNAライブラリ
  • HiSeq プラットフォーム、シングルエンド 50 bp

データ品質保証

  • シーケンスクオリティスコアに基づく割合から測定した Novogene のデータの質は Q30(PE50、 ≥90%)を上回り、イルミナの公式ガイドラインを超えています。Novogene の高品質データの例をご覧ください。

サンプル条件

  • 総 RNA 量:≥ 3 μg; RNA 濃度:≥ 50 ng /μl
  • 植物と真菌の RIN 値は ≥ 7.5; 動物の RIN 値は ≥ 8.0
  • 純度:OD260/280 ≥ 2.0、OD260/230 ≥ 2.0(分解または DNA のコンタミがないこと)

納期

  • 検体の質を確認後 15 営業日以内(データ解析なし)
  • データ解析の納期は、プロジェクトによります。

推奨されるシーケンス深度

  • ≥ 10 M リード

解析パイプライン

これは動物参照ゲノム解析パイプラインの例です。
Small RNA シーケンス解析パイプライン

Novogene はまた、Small RNA + mRNA の相関解析を追加費用負担なしで提供します(検体がで 4 つ以上の場合)。

mRNA と miRNA の間の相関解析用の標準解析
差次的に発現された mRNA と差次的に発現された miRNA の標的 mRNA の間の一般的な遺伝子のクラスター解析。
差次的に発現された mRNA と差次的に発現された miRNA の標的 mRNA の間の一般的な遺伝子の GO エンリッチメント解析。
差次的に発現された mRNA と差次的に発現された miRNA の標的 mRNA の間の一般的な遺伝子の KEGG エンリッチメント解析。
差次的に発現された mRNA と差次的に発現された miRNA の間の相互作用解析。