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全ゲノムバイサルファイトシーケンス

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全ゲノムバイサルファイトシーケンス
Christoph Bock 博士(クリストフ・コッホ)(マックス・プランク研究所)(独自研究)[CC BY-SA 3.0
(http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0)]、ウィキメディア・コモンズより
シトシンの C5 位の DNA メチル化は遺伝子発現とクロマチンリモデリングにおいて重要な役割を果たすため、メチル化パターンの変動は、がん、神経変性疾患、神経障害の発現に関係しています。従って、メチル化された塩基(メチローム)の遺伝子マッピングは、遺伝子発現やエピジェネティック調節を条件とした他のプロセスを理解するのに極めて重要です。

Novogene は、ゲノム全般のスケールで個々にメチル化されたシトシンを見つけ出す有効な方法として、バイサルファイト処理した DNA の全ゲノムシーケンスを提供しています。メチローム解析は、遺伝子調節、幹細胞分化、胚形成、老化、がんやその他の疾患、表現型多様性、動植物の進化の研究を含む幅広い用途でますます重要な研究ツールです。

Novogene の強み

  • 広範な経験:これまでに400 以上の検体のシーケンスを実施し、バイオインフォマティクス解析チームは全員が博士号をもつ科学者です。
  • 比類ないデータの質: Novogene は 80% 以上の塩基が Q30 以上のシーケンスクオリティスコアを保証し、これはイルミナの公式ガイドラインの 75% 以上を超えています。
  • 総合的なデータ解析: マッピング、DMR 解析、機能解析、データの視覚化のために、Bismark などの広く普及している主流ソフトウェアと安定した社内パイプラインを使用しています。

プロジェクトのワークフロー

全ゲノムバイサルファイトシーケンスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • インサートサイズが250-300 bpのバイサルファイトで処理されたDNAライブラリ
  • HiSeq プラットフォーム、ペアエンド 150 bp

データ品質保証

  • 80% 以上の塩基 Q30 以上のシーケンスクオリティスコア。Novogene の高品質データの例をご覧ください。

サンプル条件

  • DNA 量:≥ 5 μg
  • DNA 濃度:≥ 50 ng/μl
  • 純度:OD260/280 ≥ 1.8-2.0(分解または RNA のコンタミがないこと)

納期

  • 検体の質を確認後 15 営業日(データ解析なし)
  • データ解析の納期は、プロジェクトによります。

推奨されるシーケンス深度

  • シーケンス深度 > 30X

解析パイプライン

全ゲノムバイサルファイトシーケンス解析パイプライン


表。Novogene の全ゲノムバイサルファイトシーケンスサービスのデータ品質を示す代表的な検体。
検体名生リード生塩基クリーンリードクリーン塩基エラー率 (%)Q20 (%)Q30 (%)GC (%)BS 変換率 (%)*
検体 1750864918112.63 G686418034102.96 G0.0394.6286.5223.0199.29
検体 2762188782114.14 G61849526092.61 G0.0494.3586.4121.0899.66
検体 3789026912118.35 G721080112108.16 G0.0296.5490.6321.1299.66
検体 4784535120117.68 G760489944114.07 G0.0392.8185.4920.7099.63

* BS、バイサルファイト

プロジェクトの例

以下の研究は、Novogene の全ゲノムバイサルファイトシーケンスの専門知識を利用しました。

Whole-Genome Analysis of 5-Hydroxymethylcytosine and 5-Methylcytosine at Base Resolution in the Human Brain
Genome Biology, 15: R49 (2014)

異なる DNA メチル化様式は、遺伝子発現とクロマチン構造を別個に調節して、器官発達と機能に影響を及ぼす可能性があります。特に興味深いのは、5-ヒドロキシメチルシトシン(hmC)の役割ですが、それはある種の哺乳類細胞に豊富です。この研究で、ヒトの脳内の hmC と 5‐メチルシトシン(mC)の全ゲノム部位は、それぞれ、バイサルファイトシーケンスと Tet-assisted バイサルファイトシーケンスを用いて一塩基解像度にマッピングされました。ストランドバイアスは mC よりも hmC の方に高いレベルで観察され、それぞれ、遺伝子体のセンス鎖とアンチセンス鎖に関連していました。発育段階で hmC のレベルは増加し、成人の脳、そして活発に転写されている領域やエクソンとイントロンの境界部分での 5' スプライス部位が含まれているヒドロキシメチル化が豊富な部位に最も多く存在しますが、それは遺伝子発現調節とスプライシングでの hmC の役割を示しています。

wgbs-data
図。ヒトの脳内における塩基解像度のヒドロキシメチロームとメチローム。(a) 成人における hmCs または modCs の割合または CG、CHH と CHG と関連する胎児の脳。 (b) hmC、mCと全修飾(hmC+ mC)プロファイルの例では、散布図(上部パネル)として 4 番染色体の 12 Mb のゲノム領域、そして、棒グラフとして TET2遺伝子の TSS を囲んでいる 12 kb 領域を示しています。緑のボックスは TET2 プロモーターにあるCpGアイランドを示しています。

Novogene の専門知識を使用した出版物の一例

会誌
Genome Biology, 15: R49 (2014)Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain.
Nature Communications, 3:850 (2012)An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues.