最先端のゲノムサービスおよびソリューション

mRNA-Seq

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Novogene のデータ
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RNA シーケンスサービスマイクロアレイ解析と比較すると、mRNA シーケンス(RNA-Seq)は、トランスクリプトームのより正確で完全なスナップショットを提供するため、新たな転写産物、選択的スプライシング、遺伝子融合イベントの同定が可能です。RNA-Seq はまた、検体群における遺伝子発現の定量解析と特異的遺伝子発現の解析で代替の低コストなアプローチを提供します。RNA-Seq は疾患研究、薬物反応研究、薬物動態学、パーソナライズ医療の研究で広く用いられています。

Novogene は、PE150 bp シーケンス条件を伴うイルミナ HiSeq プラットフォームを用いてトランスクリプトームシーケンスと RNA-Seq 定量化に完全なソリューションを提供します。より長いリード長は、優れたデータ品質と精密なシーケンスアセンブリを保証します。Novogene の経験豊かなバイオインフォマティクス専門家はお客様と密接に連携することで、参照ゲノムの有無にかかわらず種について標準およびカスタマイズされたデータ解析とすぐに公表できる結果を提供します。

さらに mRNA シーケンスに加えて、lncRNA、circular RNA、Small RNA シーケンスサービスも提供しています。詳細はお問い合わせください。

Novogene の強み

  • 幅広い経験 これまで完了してきた 7,600 件を超えるプロジェクトで、100,000 以上の検体でシーケンスを行い、さらに様々な種にわたるトランスクリプトームシーケンスの結果を論文発表してきました。
  • 比類ないデータの質 Q30 スコア ≥ 80% を保証し、イルミナの公式保証を上回っています。
  • 総合的なデータ解析 新たな転写物、差次的発現、機能アノテーションを発見するために、広く普及している主流ソフトウェアと安定した社内パイプラインを使用しています。
  • 無料で強力な Novofinder ソフトウェア Novogene のお客様はユーザーフレンドリーなインタフェースで容易にデータ解析結果とアノテーションにアクセス・視覚化できます。

プロジェクトのワークフロー

RNA シーケンスサービスプロジェクトのワークフロー

シーケンス条件

  • インサートサイズが250-300 bpの cDNAライブラリ
  • HiSeq プラットフォーム、ペアエンド 150 bp、および シングルエンド 50 bp

データ品質保証

  • シーケンスクオリティスコアに基づく割合から測定した Novogene のデータの質は Q30 を上回り(PE 150、≥ 80%; SE 50、≥ 90%)、イルミナの公式ガイドラインを超えています(PE 150、≥ 75%; SE 50、 ≥ 80%)。Novogene の高品質データの例をご覧ください。

サンプル条件

  • 総 RNA 量:≥ 1.0 μg; RNA 濃度:≥ 50 ng/μl(ヒトおよびマウスでは、200 ng が容認できるリスク。)
  • 植物と真菌の RIN 値は ≥ 6.3、動物の RIN 値は ≥ 6.8
  • OD260/280 ≥ 2.0、OD260/230 ≥ 2.0(分解または DNA のコンタミがないこと)
  • FFPE 検体:> 10 スクロールまたはスライド。検体を提出する前に、検体がゲル電気泳動による検査で、予め要件を満たす必要があります。

納期

  • 検体の質を確認後 15 営業日以内(データ解析なし)
  • データ解析の納期はプロジェクトによって異なります。

推奨されるシーケンス深度

  • ≥ 20 M リード

解析パイプライン

トランスクリプトーム解析パイプライン
RNA シーケンスサービストランスクリプトームのパイプライン
RNA-Seq 定量化のパイプライン
RNA シーケンスサービス定量化のパイプライン
表。Novogene の mRNA シーケンスサービス(PE150)の代表的なデータ品質の結果
検体名生リードの数クリーンリードの数クリーン塩基エラー率 (%)Q 20 (%)Q 30(%)GC 内容量 (%)
a61857270582723668.74G0.0296.5591.8249.63
b63461444596344068.95G0.0296.6691.9747.74
c54854516511786747.68G0.0296.4691.5649.55
d54204202521915867.83G0.0296.4691.5351.54
e62043078597147528.96G0.0296.3191.1851.27
f760304707281341210.92G0.0296.3891.4053.36

プロジェクトの例

以下の研究が、Novogene の専門家の mRNA-Seq サービスを利用しました。

mRNA and small RNA transcriptomes reveal insights into dynamic homoeolog regulation of allopolyploid heterosis in nascent hexaploid wheat
The Plant Cell, 26:1878-1900 (2014)

オンライン出版の The Plant Cell で、Novogene は、中国科学院(Chinese Academy of Science)と協同して、mRNA と Small RNA のトランスクリプトームが、初期の 6 倍体小麦で雑種強勢に寄与する可能性がある Small RNA 媒介の動的なホメオログ調節メカニズムに対する洞察を提供することを報告しました。発現レベルで示す発現量が優性遺伝子とする主要なサブゲノムは、発育と順応に関連する数多くの遺伝子で観察されました。結果もまた、microRNA(miRNA)および低分子干渉 RNA が雑種子孫で観察される差次的な遺伝子発現パターンに関与することを示唆しました。この研究知見により、主要農作物における主な農業形質の調節 に関する我々の理解が深まりました。

mRNA の図

図。非加算的な発現を示す microRNA の階層的クラスタ解析(左パネル)と、親の発現レベルのパターンの優占度(右パネル)。

Novogene の専門知識を使用した出版物の一例

会誌
Nature Structural & Molecular Biology, 20:1131-1139 (2013)Single-cell RNA-seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells.
Genome Research, 24:1765-1773 (2014)RNA-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas.
Nature Communications, 6:6239 (2015)Integration of Hippo signalling and the unfolded protein response to restrain liver overgrowth and tumorigenesis.
Cell Stem Cell, 18:495-507 (2016)The RNA-seq approach to discriminate gene expression profiles in response to melatonin on cucumber lateral root formation.
Genome Research, 26:499-509 (2016)Genome-wide A-to-I RNA editing in fungi independent of ADAR enzymes.
Nature, 533:487-492 (2016)Tracing haematopoietic stem cell formation at single-cell resolution.
New Phytologist, 11:12 (2016)Exploring key cellular processes and candidate genes regulating the primary thickening growth of Moso underground shoots.
New Phytologist, 213:275-286 (2017)ABNORMAL VASCULAR BUNDLES regulates cell proliferation and procambium cell establishment during aerial organ development in rice.