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Full-Length 16S Amplicon Metagenomic Sequencing

Novogeneは一分子リアルタイム(SMRT)テクノロジーを活用して、全長16S遺伝子メタゲノミクスシーケンス解析を行い、環境サンプルの細菌分類学と系統発生の研究に革新的なアプローチをもたらします。

従来法とは異なり、 次世代シーケンシング(NGS)での短いリード長による解析遺伝子の分断や、マイナーな超可変領域カバーに関する制限を解決し、種レベルでの分解能をもたらします。

今回は5,000クリーンCCSデータ解析付き、10,000CCSデータ解析付きをトライアル特別価格で提供いたします。

*但し4サンプル以上のサンプルに対して特別価格を適用いたします。

この解析について詳しくお知りになられたい場合は右のお問い合わせフォームよりお問い合わせください

主な機能と利点

最長の平均リード長
断片化のない増幅により、全長16S遺伝子の読み取りが容易になり、ショートリードシーケンスに関連するGCバイアスが解消されます。

最高のコンセンサス精度
99.9%を超える単一分子シーケンシング精度が保証されているため、より正確な種の分類が可能になり、希少な種の発見も行えます。

バイオインフォマティクス解析付きオプションでクリーンリードを提供*
当社の高度なフィルターは、生のリードからプライマーとキメラを取り除くことができます。 サンプルあたり5,000または10,000のクリーンなCCSリードが得られ、より効率的なデータ解析が可能になります(*クリーンなリードはバイオインフォマティクス解析付きプロジェクトでのみ提供されます)

最新の解析ソフトウェア
QIIME 2から生成されたアンプリコンシーケンスバリアント(ASV)は、増幅の導入前にサンプルの生物学的シーケンスを推測し、わずか1ヌクレオチドだけ異なるシーケンス変異を区別できます。

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    サンプル要件

    プロジェクトのワークフロー

    標準解析パイプライン

    Case Study – High-throughput amplicon sequencing of the Full-Length 16S rRNA gene with single-nucleotide resolution (Callahan et al, 2019)

    PacBioサーキュラーコンセンサスシーケンス(CCS)とDADA2サンプル推論法に基づくハイスループットアンプリコンシーケンス手法では、単一ヌクレオチドの分解能とほぼゼロのエラー率で全長16S rRNA遺伝子を測定できます。

    私たちのアプローチによって回収された全長16S遺伝子配列により、大腸菌(E. coli)株をO157:H7およびK12亜種クレードに正しく分類できました。 人間の糞便サンプルについて、私たちの方法は強い技術的再現性を示し、いくつかの大腸菌株の完全な16S rRNA対立遺伝子を得ることができました。

    サービス利用者の論文

    以下に、弊社の全長16S rRNAメタゲノミクスシーケンス解析を活用した論文をお示しします。

    キャンペーンの利用規約

    1. Pacbio Sequelの全長16S遺伝子メタゲノミクスシーケンス解析を5,000CCS リード解析付き、10,000 CCSリード解析付きをトライアル特別価格で提供いたします。

    2. プロモーションの対象となるには4サンプル以上の注文者に限ります。

    3. キャンペーン期間は2020年9月30日までの注文分とさせていただきます。

    4. キャンペーンの内容を変更する場合がございます。事前にお問い合わせください。

    Reference

    Callahan B J, Wong J , Heiner C , et al. High-throughput amplicon sequencing of the full-length 16S rRNA gene with single-nucleotide resolution[J]. Nucleic Acids Research, 2019, 47(18).