概要
Novogeneは、特にmicroRNA（miRNA）転写産物について、長さが18〜40 ntのノンコーディングRNAの調節ネットワークを検証包括的な検証を行うために、Small RNAシーケンスサービス（sRNA-seq）を提供します。 miRNAの変動は、遺伝子サイレンシングや遺伝子発現の転写後調節と相関関係があります。このことでこれまでにない感度と高解像度でmRNAの標的調節を明らかにする方法を研究者に提供します。 sRNA-seqのバイオインフォマティクス解析は、miRNAの発現差解析、構造変化、および新規のsmall RNAの同定をハイスループットに行います。
Service Specificationsアプリケーション
- small RNA転写産物の発現定量
- 遺伝子ノックアウト、miRNA遺伝子の過剰発現などの機能検証
- 高度な分析：miRNAターゲット遺伝子検証
- 高度な分析：piRNAの同定と発現の定量化
Novogeneの強み
- 数千のサンプルを解析した豊富な経験。
- Illuminaの公式ベンチマークを超えるQ30スコア≥85％が保証された卓越したデータ品質。
- 国際的に認められた主要なソフトウェアと成熟した社内パイプラインを使用した包括的な解析を用いて、幅広いバイオインフォマティクスのニーズに対応します。
- 調節ネットワーク解析のための、small RNAとmRNAの両方の発現レベルの相関解析を無償で提供します。
サンプル要件
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) |
Purity (NanoDrop) |
| Small RNA Library | Total RNA | ≥ 2 μg | Animal ≥ 7.5, Plant ≥ 7, with smooth baseline; |
OD260/280 = 1.8-2.2;
OD260/230 ≥ 1.8; |
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Exosomal Small RNA Library
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Exosomal RNA
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≥ 20ng
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Peak between 25-200nt, FU> 10, no peak > 2000nt
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シーケンスパラメーターと解析内容
| プラットフォームタイプ | Illumina Novaseq 6000 |
| 読み取り長 | シングルエンド50 |
| 推奨されるシーケンス深度 | ≥ 参照ゲノムを持つ種について、サンプルあたり1,000万以上のリードペア |
| Standard Analysis (miRNA) |
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注：詳細については、サービス仕様をご参照ください。カスタマイズされたリクエストについては、お問い合わせください。
プロジェクト ワークフロー
サンプル
Small RNAライブラリー：Col-0またはilp1-1変異株の3週齢のトランスジェニック株の花序組織
mRNAライブラリー：トータルRNAは、一定の白色光の下で生育した7日目の苗から単離されました。
シーケンス方法
1. TruSeq Small RNA Library Preparation Kit、SE50、Illumina Hiseq 2500を使用
2.ストランド特異的mRNAライブラリ、Illumina Hiseq X Tenプラットフォームを使用した2×150 bpリード
結論：
この研究は、シロイヌナズナにおいて、ILS複合体の2つの保存された分解因子、Polyploidy1-1D（ILP1）およびNTC関連タンパク質1（NTR1）のレベルの増加が、 MIRNA（MIR）遺伝子の転写伸長を促進することにより、microRNA（miRNA）の生合成を積極的に調節することを示しています（図1、2）。 ILP1とNTR1は安定した複合体を形成し、シロイヌナズナゲノム全体でmiRNA（pri-miRNA）のいくつかの一次転写産物を含む、100を超える遺伝子の選択的スプライシングを共調節します（図3、4）。 これらの結果は、miRNAの生合成におけるスプライソソーム機構の調節の役割へのさらなる洞察を提供します。
Integrated miRNA-mRNA analysis reveals regulatory pathways underlying the curly fleece trait in Chinese tan sheep
緒論
タン羊は、その美しいカーリーフリースで有名な中国先住民の品種です。 この羊の品種の特徴である顕著な品種の1つは、子羊と成羊の間でちぢれ具合の程度が著しく異なることですが、この変化を制御する分子メカニズムはまだ十分に理解されていません。 この研究では、タン羊間でmiRNA-seqを用いて、2つの段階で49の異なる発現（DE）のマイクロRNA（miRNA）を特定し、このデータを以前の抑Suppression Subtractive Hybridization cDNA（SSH）ライブラリー研究のデータと組み合わせて,カーリーフリースの形成のもとになるメカニズムを解明しました。
サンプル：
皮膚組織は、4匹の中国の黄褐色の羊（1か月齢の子羊2頭と48か月齢の成羊2頭）の肩から採取されました。
シーケンス方法
Illumina HiSeq 2500/2000プラットフォームで解析し、NEBNext® Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina®でライブラリー調製を行いました。
表1子羊（L）と成羊（A）のグループ間で発現が異なるmiRNA。
| miRNA | L_readcount | A_readcount | Log2 Fold Change | P-Value | P-Adj |
| oar-miR-148a | 67, 574.96753 | 231, 061.6487 | -1.7737 | 1.00E-09 | 0 |
| oar-miR-136 | 19.75893919 | 88.81995869 | -2.1684 | 6.98E-10 | 2.81E-09 |
| oar-miR-150 | 50.50740147 | 235.578046 | -2.2216 | 3.78E-11 | 4.18E-11 |
| oar-miR-29a | 867.6115945 | 5480.855957 | -2.6593 | 1.00E-09 | 0 |
| novel_459 | 0 | 20.61202625 | -5.3654 | 3.82E-06 | 1.82E-05 |
| KEGG Pathway | Count | P-Value | Corrected P-Value |
| Metabolic pathways | 180 | 0.894548594 | 0.984724863 |
| Pathways in cancer | 66 | 0.179111564 | 0. 939563595 |
| PI3-Akt signaling pathway | 64 | 0.39499336 | 0. 939563595 |
| HTLV-I-Infection | 50 | 0.192543289 | 0.895292925 |
| Phagosome | 45 | 0. 0017584833 | 0.480065813 |
| Protein processing in endoplasmic reticulum | 43 | 0.007929522 | 0.545550536 |
| Regulation of actin cytoskeleton | 43 | 0.245615216 | 0.939563595 |
| MAPK signaling pathway | 42 | 0.630365388 | 0.939563595 |
| Tuberculosis | 41 | 0.051840799 | 0.750257819 |
| Ras signaling pathway | 41 | 0.474634575 | 0.939563595 |
| Viral carcinogenesis | 39 | 0.270545221 | 0.947474735 |
| Transcriptional misregulation in cancer | 37 | 0.104993737 | 0.779793658 |
| Influenza A | 37 | 0.185182388 | 0.939563595 |
| Endocytosis | 36 | 0.500604613 | 0.957112583 |
| Epstein-Barr virus infection | 35 | 0.270987612 | 0.947474735 |
| Lysosome | 33 | 0.01255486 | 0.638411076 |
| MicroRNAs in cancer | 33 | 0.443228539 | 0.939563595 |
| Focal adhesion | 33 | 0.531854202 | 0.957112583 |
| cGMP-PKG signaling pathway | 31 | 0.425371479 | 0.939563595 |
| AMPK signaling pathway | 30 | 0.071269601 | 0.779793658 |
結論
この研究では、中国のタン羊のカーリーフリース特性におけるmiRNAの役割を検証しました。 この研究はタン羊のmRNAとmiRNAの包括的な解析を示し、カーリーフリースの発達と人間の巻き毛の形成を制御する潜在的なメカニズムについて詳細な洞察を提供しています。 結果は、カーリーフリースとカーリーヘアの発育の根底にある分子メカニズムを解明するための重要な手がかりを提供しています。
Uncovering anthocyanin biosynthesis related microRNAs and their target genes by small RNA and degradome sequencing in tuberous roots of sweetpotato
緒論：
紫果肉サツマイモ（PFSP）は、その塊根に豊富なアントシアニンが蓄積しているため、機能性食品開発に望ましい資源です。 いくつかの研究では、miRNAを介した発現調節が植物のアントシアニン生合成に重要な役割を果たすことを示しています。 しかし、サツマイモの塊根でのアントシアニン生合成に関連するmiRNAとそれに対応する機能はほとんど知られていませんでした。
サンプル：
WFSP（Xushu-18）およびPFSP（Xuzishu-3）の塊根から抽出されたトータルRNA
シーケンス方法
NEBNext® Multiplex Small RNA library Prep Set for Illumina®を用いてライブラリー調製を行い、IlluminaHiseq 2000プラットフォームでシーケンスを実施しました。
結論：
解析の結果は、サツマイモにおけるアントシアニンの蓄積に関連するmiRNAの包括的な発現プロファイリングを示し、塊茎作物におけるmiRNAによって制御されるアントシアニン生合成の調節ネットワークを理解するための重要な手がかりを提供しました。 私たちの研究結果は、アントシアニン固有のmiRNAとそのターゲットに関する包括的な情報、さらにサツマイモのアントシアニン生合成におけるmiRNAのメカニズム研究の起点を提供しました。
sRNAの長さの分布
sRNAの分類
miRNA構造
miRNAベースのバイアス
TPMボックスプロット
TPM密度分布
階層クラスター解析
