シングルセルシーケンスの紹介
シングルセルシーケンスは、バルクシーケンスと比較して、細胞の多様性について完全な複雑性を明らかにします。主に、珍しい細胞タイプ、細胞系列の関連性、ヘテロな性質のサンプルの研究に関連する複雑さを解決するために採用されます。詳細なシングルセルシーケンスを行うことで、個々の細胞の細胞機能を簡単かつ効率的に探索することができます。
ノボジーンは、10x Genomics ChromiumシステムとIllumina NGSプラットフォームを組み合わせることで、シングルセル遺伝子発現、シングルセル免疫プロファイリング、シングルセルATACを含む、高品質なエンドツーエンドシングルシーケンスソリューションとサービスを提供しています。ノボジーンは、10x Genomicsの認定サービスプロバイダーとして、お客様の研究を効率的かつ正確にサポートします。
シングルセルシーケンスの適用
- シングルセル遺伝子発現：ヘテロな細胞集団から各細胞における細胞の異質性、新規ターゲット、バイオマーカーをプロファイリングします。
- シングルセル免疫プロファイリング：単一細胞から、全長、ペアB細胞もしくはT細胞レセプター、抗原特異性、および遺伝子発現を解析します。 *
- シングルセルATAC：クロマチンアクセシビリティをシングルセルレベルで解析し、細胞の種類や状態、遺伝子制御機構の理解を深めることができます 。*
シングルセルシーケンスのメリット
- シングルセルシーケンスは、ヘテロな細胞サンプルにおけるトランスクリプトームの多様性を明らかにすることを意図しています。3‘および5’遺伝子発現に関するより深い洞察を提供し、シングルセルの解像度で細胞の違いを特徴づけます。
- ノボジーンは、この分野での最新技術、10x Genomics ChromiumシステムおよびIllumina NGSプラットフォームを活用したシングルセルシーケンスソリューションのエンドツーエンドパッケージを提供しています。ハイスループット、高精度のシングルセルシーケンスサービスを、迅速な納期でご提供します。
10x シングルセルシーケンス仕様： サンプル要件
| サービスタイプ | サンプル量 | 細胞生存率 |
| 出張解析サービス | 少なくとも50,000細胞 | 細胞生存率 >80% 細胞サイズ < 40 μm |
| 凍結細胞サービス | バイアルあたり1,000,000細胞以上を凍結し、少なくとも2本の1.5ml クライオバイアルをお送りください | 細胞生存率 凍結前で >85% 細胞サイズ < 40 μm |
*出張解析サービスは日本国内でのみ承っております。
10x シングルセルRNAシーケンス仕様： シーケンスおよび解析
| シーケンスプラットフォーム | イルミナNovaSeq 6000 シーケンスシステム |
| リード長 | PE 150bp |
| 推奨データ量 | サンプルあたり生データで150Gb〜 |
| データ解析内容 |
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ノボジーン 10x シングルセルシーケンスサービスのワークフロー
サンプル調製、ライブラリー調製、シーケンス、データQCから、バイオインフォマティクス解析まで、ノボジンは高品質でプロフェッショナルなサービスを提供します。各ステップは、高い科学水準と綿密な設計に則って実施され、高品質の研究成果を保証します。
デモデータ
Figure 1 The t-SNE and UMAP plots
注：各ポイントは細胞、各色はクラスターを表しています。
可視化のために、t-distributed stochastic neighbor embedding (t-SNE) と uniform manifold approximation and projection (UMAP) を用いて、さらに次元を2次元に圧縮しています。どちらも、高次元空間における隣接間の関係を保持した低次元表現を見つけようとするものでデス。t-SNEと比較して、UMAPによる可視化では、よりコンパクトな視覚的クラスターとクラスター間の空白が多くなる傾向があります。
Figure 2 Expression Pattern of Marker Genes
注：赤が濃いほど発現量が多く、青が濃いほど発現量が少ないことを意味します。
ヒートマップは、指定された細胞や特長について、示されたマーカー遺伝子の発現を示すものである。この場合は、各クラスターについて上位10個のマーカー（10個未満の場合は全マーカー）をプロットしています。
Figure 3 Expression Level of Marker Genes
注：X軸はクラスター、Y軸は発現量を表します。
バイオリンプロットは、全クラスター間でのマーカー遺伝子の相対的な発現量を示します。(ここでは、6つのマーカー遺伝子のみが示されています。）
