概要
16S / 18S / ITSアンプリコンメタゲノムシーケンスは、微生物種の同定と分離に頻繁に使用されます。 保存された遺伝子の短い（<500 bp）超可変領域または遺伝子間領域（細菌と古細菌の16S, または真菌の18S / ITSなど）は、PCRによって増幅し、次世代シーケンス（NGS）を使用して解析します。 その後シーケンスの結果を微生物データベースと照合します。 用途としては、純粋な培養で単一の種の同定、動物や植物の微生物相の同定、さらにさまざまな環境下もしくは地理的領域からの種の多様性や個体群構造の比較にまで及びます。 当社のスペシャリストが、プロジェクトの適切な解析についてアドバイスいたします。
Service Specificationsアプリケーション
- 種の同定
- 腸内微生物環境研究
- 微生物叢の多様性の検証
- 種構成の違いの検証
Novogeneの強み
- 豊富な経験：数十万を超えるサンプルのシーケンスを行い、約30報の論文が発表されました。
- 卓越したサービス：高品質のシーケンス（Q30スコア≥75％）、効率的な標準ワークフロー、迅速なターンアラウンドタイム、およびバイオインフォマティクス解析を高いコストパフォーマンスで提供します。
- 効果的な方法論：私たちの方法は、サンプルDNAの高い増幅効率（> 95％）を特徴としています。
- 包括的な分析：最新のシーケンスデータベースとソフトウェアを使用して専門性の高いバイオインフォマティクス解析を提供し、高品質ですぐに出版可能なデータを生成します。
サンプル要件
| Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
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Total DNA
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≥200ng
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≥20μL
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≥ 10 ng/μL
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OD260/280=1.8-2.0
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Primer List of Amplicons
| Types | Region | Fragment Length | Primer | Primer sequences（5’- 3’） |
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 300-400 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| Archaeal 16S | V4-V5 | 400-500 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Archaeal 1106F | V8 | 300bp | 1106F | TTWAGTCAGGCAACGAGC |
| 1378R | TGTGCAAGGAGCAGGGAC | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| V9 | 200 bp | 1380F | CCCTGCCHTTTGTACACAC | |
| 1510R | CCTTCYGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS* | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC |
シーケンスパラメーターと解析内容
| プラットフォームタイプ | Illumin Novaseq 6000 |
| 読み取り長 | ペアエンド250 |
| 推奨されるシーケンス深度 | 50K/100K raw リード |
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標準データ分析
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注：詳細については、サービス仕様をご参照ください。カスタマイズされたリクエストについては、お問い合わせください。
プロジェクト ワークフロー
サンプル：
49人の健康な人のDNA、安定した冠動脈疾患（CHD）の50人のDNA、およびSTセグメント上昇型心筋梗塞（STEMI）の100人のDNA。
シーケンス方法
Illuminaプラットフォーム、ペアエンド250 bp
結論：
i）腸関連細菌は体循環に富んでいます。 STEMI患者において腸内細菌が最も多くて転移していました。
ii）腸内細菌の循環転移産物は炎症と左心室機能に関連しています。
iii）腸内細菌叢の転移はSTEMI後の心血管イベントを促進します。
Plant growth and oil contamination alter the diversity and composition of bacterial communities in agricultural soils across China
緒論:
生物的および非生物的外乱に応答する微生物多様性のダイナミクスは、農業生態系における土壌の潜在的な安定性と劣化を評価するための鋭敏な指標を提供します。 植物の成長（Robinia pseudoacacia）と油汚染による障害の土壌細菌群集への影響を検討するために、MiSeqを使用して16S rRNA遺伝子の配列を同定しました。 滅菌水、原油、および/または侵入植物によって土壌中の細菌群集構造が変化し、細菌の豊富さが増加し、細菌の分散が減少しました。
サンプル
中国19省のトウモロコシ畑から収集された21の土壌サンプルから抽出されたDNA。
シーケンス方法
Illuminaプラットフォーム、ペアエンド250bp
結論:
微生物群は、植物の成長と油の汚染に対して異なる応答を示し、コアマイクロバイオームの構成が変更されました。 さらに、温暖な地域の土壌の細菌群集は、環境の変化に対してより鋭敏でした。
The chemodiversity of paddy soil dissolved organic matter correlates with microbial community at continental scales
緒論:
水田土壌溶解有機物（DOM）は土壌生物地球化学の主要なホットスポットを表していますが、それを形成する微生物群集はもちろん、その化学多様性についてもほとんど知りません。 この研究では、超高解像度質量分析、アンプリコン、メタゲノムシーケンスを活用して、DOMの分子分布と中国全土の水田土壌における分類学的および機能的な微生物の多様性を明らかにしました。 その結果微生物群集の分散が土壌DOM分子組成の変化と有意に関連しているという仮説を立てました。
サンプル
2014年と2015年に中国の4つの典型的な稲作地域の88の水田から収集された土壌サンプルから抽出されたDNA。
シーケンス方法
Illuminaプラットフォーム、ペアエンド250 bp
結論
この研究では、DOMの大陸規模の分布が、水田微生物叢の分類学的プロファイルと代謝能力と有意に相関していることを示しています。 コミュニティ構造に明確な影響を与える非生物的要因も、DOMの化学多様性に影響を及ぼし、そのまた逆も同様です。
OTUクラスターとアノテーション解析の結果
種の多様性のヒートマップ
ベン図
単一サンプルの分類
個々のサンプルによる希薄曲線とアバンダンス曲線のランク付け
ベータ多様性ヒートマップ
OTUに基づく主成分分析（PCA）
重み付きUnifrac距離に基づくUPGMAクラスターツリー
Cladogram of LEfSe analysis
Relative Abundance on Phylum
