概要
Long Non-coding RNAシーケンスサービス（lncRNA-seq）はNGSを用いて、タンパク質をコードせず、複数の生物学的プロセスで調節要素として機能する、200ntを超える長さの転写産物を検出する包括的な解析です。 巧妙なライブラリー調製によって高感度のトランスクリプトームを解析し、コーディング転写産物と非コーディング転写産物の両方の遺伝子発現プロファイリングが可能となります。 バイオインフォマティクス解析では、標的転写産物の定量化と機能的濃縮は明らかにするばかりでなく、lncの読みの方向とlncRNAの標的mRNAのと調節関係も示されます。
Service Specificationsアプリケーション
- lncRNA転写産物の発現定量
- 遺伝子またはRNAの細胞内局在と発現
- 遺伝子ノックアウト、lncRNA遺伝子の過剰発現などの機能検証
- タンパク質相互作用
Novogeneの強み
- 数多くのサンプルのプロジェクトを実施した豊富な経験。
- Illuminaの公式ベンチマークを超えるQ30スコア≥80％が保証された卓越したデータ品質。
- 国際的に認められた主要なソフトウェアと成熟した社内パイプラインを使用した包括的な解析で、幅広いバイオインフォマティクスのニーズに対応します。
サンプル要件
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) |
Purity (NanoDrop) |
| lncRNA Library | Total RNA | ≥ 2 μg | Animal ≥ 6.5, Plant ≥ 6, with smooth baseline | OD260/280 = 1.8-2.2; OD260/230 ≥ 1.8; |
| Exosomal lncRNA Library | Exosomal RNA | ≥ 20ng | Peak between 25-200nt, FU> 10, no peak > 2000nt |
シーケンスパラメーターと解析内容
| プラットフォームタイプ | イルミナNovaseq 6000 |
| 読み取り長 | ペアエンド150 |
| 推奨データ出力 | ≥ サンプルあたり4000万の読み取りペア |
| 標準データ分析 |
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注：詳細については、サービス仕様を参照し、カスタマイズされたリクエストについてはお問い合わせください。
プロジェクト ワークフロー
サンプリング：
KYSE30、KYSE180、KYSE450細胞にIFN-β処理したものとそのコントロール細胞、さらにKYSE30およびKYSE180細胞においてIRF1-ASノックダウン細胞およびコントロール細胞を用いて、RNAシーケンス（RNA-seq）を行った。
シーケンス戦略
RNA-seqはIllumina HiSeq 4000を使用し、Novogene（中国）によって解析されました。
結論：
この研究では、IFNに調節されたlncRNAの候補（IRF1-AS、インターフェロン調節因子1アンチセンスRNA）が同定され、この分子はIFN応答の正の調節因子として機能し、インターフェロンがJAK-STAT経路を通じてIRF1-AS発現を誘導します。 さらにIRF1-ASは、ILF3（インターロイキンエンハンサーバインディングファクター3）およびDHX9（DExHBoxヘリカーゼ9）と転写活性化複合体を形成することで、共にIRF1をアップレギュレートします。 IFNシグナリング、IRF1-ASおよびIRF1間の調節ネットワークから推察すると、この関連分子は予測バイオマーカーとして有望で、またIFN応答を促進するためにIRF1-ASとIRF1間のフィードバックループをターゲットとすることが、ESCC（食道扁平上皮細胞）の新しい治療戦略になるかもしれません。
Transcriptional landscape of pathogen-responsive lncRNAs in rice unveils the role of ALEX1 in jasmonate pathway and disease resistance
緒論：
植物の防御機構は多層的であり、変化する環境で生き残るために不可欠です。 ロングノンコーディングRNA（lncRNA）の発見は、多様な生物学的プロセスにおける転写後遺伝子調節の理解を劇的に広げました。 しかしながら、発現プロファイルと耐病性におけるlncRNAsの機能は、特に単子葉植物ではまだほとんどわかっていません。
サンプリングとシーケンスの戦略：
結論
この研究では、シーケンスされたlncRNAのターゲット解析によって、Xoo感染後のジャスモン酸（JA）の蓄積に関連するlncRNAが示されました。 JA経路の生合成とシグナル伝達は、イネのlncRNA ALEX1の発現上昇によって活性化され、ALEX1は内因性JAレベルを増加させ、細菌性病原体に広範な耐性を付与します。 この研究は、イネにおける病原体応答性のlncRNAの発現を明らかにし、植物病害抵抗性の調節におけるlncRNAとJA経路の間の繋がりについて新しい洞察を与えました。
Effects of long term antiprogestine mifepristone (RU486) exposure on sexually dimorphic lncRNA expression and gonadal masculinization in Nile tilapia (Oreochromis niloticus)
緒論：
臨床中絶薬であり潜在的な内分泌かく乱物質である、ミフェプリストン（RU486）は、プロゲスチンとグルココルチコイド受容体に結合し、生殖生理学において複数の機能的重要性を持っています。 RU486の長期暴露は雌魚の男性化をもたらしましたが、エピジェネティックな全体像はまだ明らかになっていません。
サンプリング：
すべての処理は、通気された真水での孵化（dah）後5日から開始され、50％の水を毎日交換しました。 魚には、RU486と混合した市販の食事（500μg/ g、Sigma）を毎日与えました。 120ダー（?ミスタイプ？）、5尾のコントロールと15尾のRU468処理グループからのRNA調整のために各2つの性腺を用いて調整しました。
シーケンス戦略：
Illumina Hiseq 2000プラットフォームと100 bpペアエンドリードを用いて解析しました
結論：
長期間のRU486曝露は、遺伝的に雌の魚の性転換を部分的に後成的調節を介して、雌特異的lncRNAの発現を阻害し、同時に雄特異的lncRNA遺伝子を増強することにより誘発します。機能解析によるさらなる調査は、遺伝子ノックアウトおよび過剰発現技術により、RU486によるXX雌魚の性転換のlncRNAの関与のエピジェネティックなメカニズムを明らかにするために重要です。
選択的スプライシング解析
lncRNAの同定
グループ比較
トランスクリプト定量化のVolcanoプロット
mRNAのクラスター解析
lncRNAのクラスター解析
TUCPのクラスター解析
