シングルセルシーケンスはバルクシーケンスと比較して、細胞の多様性の完全な複雑性を明らかにします。珍しい細胞タイプ、細胞系列の関連性、不均一な性質のサンプルの研究に関連する複雑さを解決するために主に採用されます。詳細なシングルセルシーケンスを行うことで、個々の細胞の細胞機能を簡単かつ効率的に探索することができます。
ノボジーンは、10x Genomics ChromiumシステムとIllumina NGSプラットフォームを組み合わせることで、高品質なエンドツーエンドのシングルセンサーソリューションとサービスを提供しています。ノボジーンは、お客様の研究を効率的かつ正確にサポートします。
アプリケーション
- シングルセル遺伝子発現。不均一な細胞集団から各細胞の細胞不均一性、新規ターゲット、バイオマーカーをプロファイリングする。
シングルセルシーケンスの利点
- シングルセルシーケンスは、不均一細胞サンプルのトランスクリプトームの多様性を明らかにすることを意図しています。3’および5’遺伝子発現に関するより深い洞察を提供し、単一細胞の解像度で細胞の違いを特徴付けることができます。
- ノボジーン社は、市場の最新技術を活用したシングルセルシーケンスソリューションのエンドツーエンドパッケージを提供しています。10x Genomics ChromiumシステムおよびIllumina NGSプラットフォーム。ハイスループット、高精度のシングルセルシーケンスサービスを、迅速な納期で提供します。
サンプル要件
| サービスタイプ | サンプル量 | 細胞生存率 |
| 出張解析サービス | 少なくとも50,000細胞 | 細胞生存率 >80% 細胞サイズ < 40 μm |
| 凍結細胞サービス | バイアルあたり1,000,000細胞以上を凍結し、少なくとも2本の1.5ml クライオバイアルをお送りください | 細胞生存率 凍結前で >85% 細胞サイズ < 40 μm |
*出張解析サービスは日本国内でのみ承っております。
シーケンスとデータ解析
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 Sequencing System |
| Read length | Paired-end 150bp |
| Recommended Data Amount | ~120G raw data per sample |
| Content of Data Analysis |
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ワークフロー
サンプル調製、ライブラリ調製、シーケンス、データ品質管理からバイオインフォマティクス解析まで、ノボジーンは高品質の製品とプロフェッショナルなサービスを提供します。各ステップは、高いサイエンス基準と綿密な設計に則って行われ、高品質の研究成果を保証します。
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Journal: CellIssue Date: Oct 15，2020IF: 31.398DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.040
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Journal: Journal of HepatologyIssue date: Jun 22， 2021IF: 25.083DOI: https://doi.org/10.1016/j.jhep.2021.06.023
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Journal: Nature CommunicationsIssue date:Jun 23, 2021IF:14.919DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-24213-6
デモ結果
Figure 1 The t-SNE and UMAP plots
注：各ポイントは細胞、各色はクラスターを表しています。
可視化のために、t-distributed stochastic neighbor embedding (t-SNE) と uniform manifold approximation and projection (UMAP) を用いて、さらに次元を2次元に圧縮しています。どちらも、高次元空間における隣接間の関係を保持した低次元表現を見つけようとするものでデス。t-SNEと比較して、UMAPによる可視化では、よりコンパクトな視覚的クラスターとクラスター間の空白が多くなる傾向があります。
Figure 2 Expression Pattern of Marker Genes
注：赤が濃いほど発現量が多く、青が濃いほど発現量が少ないことを意味します。
ヒートマップは、指定された細胞や特長について、示されたマーカー遺伝子の発現を示すものである。この場合は、各クラスターについて上位10個のマーカー（10個未満の場合は全マーカー）をプロットしています。
Figure 3 Expression Level of Marker Genes
注：X軸はクラスター、Y軸は発現量を表します。
バイオリンプロットは、全クラスター間でのマーカー遺伝子の相対的な発現量を示します。(ここでは、6つのマーカー遺伝子のみが示されています。）
