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Services

Metatranscriptome Sequencing

概要

メタトランスクリプトームとは、自然界の微生物群集(すなわち、土壌、水、海、糞、腸)における遺伝子転写産物(遺伝子のRNAコピー)の総量を指し、それらはサンプリング時固有の環境状況の影響を受けます。メタトランスクリプトームは時間的および環境的変動によって変化します。次世代シーケンス(NGS)を用いてメタトランスクリプトームシーケンス解析を行うことで、群集内の発現プロファイルの全体像を取得し、経時的または環境パラメータによる遺伝子発現パターンのダイナミクスを追跡することで、複雑な微生物叢における、構造、機能、および複雑適応メカニズムの理解を深めることができます。

メタトランスクリプトームシーケンスは、真核生物と原核生物の両方の微生物の自然環境内での遺伝子発現を同定します。具体的には、このサービスを使用すると、複雑な微生物群集の遺伝子発現プロファイリング全体、種の分類学的分析、さまざまに発現した遺伝子の機能パスウェイ解析などを取得できます。 Novogeneでは、慎重な解析前検証を提供することで、お客様のプロジェクトに合わせて調整を行い、研究目標をより容易に実現するようサポートいたします。

Service Specifications

アプリケーション

微生物生態学研究:

  • 機能性活性細菌の特性評価
  • コミュニティの代謝相互作用

臨床研究:

  • Immune recognition
  • Immune education
  • 自己免疫疾患
  • バイオテクノロジー研究

Novogeneの強み

  • 数千のサンプルのシーケンスを実施した豊富な経験。
  • Illuminaの公式ベンチマークを超えるQ30スコア≥80%が保証する卓越したデータ品質
  • 国際的に認められた主流ソフトウェアと成熟した社内パイプラインを使用した包括的な解析を実施し、広範なバイオインフォマティクスの需要に対応します。

サンプル要件

 

Library Type Sample Type Amount RNA Integrity Number
(Agilent 2100)
Purity«
(NanoDrop)
Meta-transcriptome Library
Total RNA
≥ 2.5 μg
≥ 6.5, smooth base line
OD260/280 = 1.8-2.2;
OD260/230 ≥ 1.8;

 

シーケンスパラメーターと解析内容

プラットフォームタイプ Illumin Novaseq 6000
読み取り長 ペアエンド150
推奨されるシーケンス深度 参照ゲノムを持つ種について、サンプルあたり4,000万以上のリードペア
標準データ分析
データ品質管理
De novoアセンブリ
遺伝子機能アノテーション
rRNA&mRNA分類解析
遺伝子発現の定量化と発現差のある遺伝子プロファイリング及びパスウェイ濃縮解析
さまざまなサンプル間の比較解析

注:詳細については、サービス仕様をご参照ください。カスタマイズされたリクエストについては、お問い合わせください

プロジェクト ワークフロー

Cryptophyte farming by symbiotic ciliate host detected in situ

緒論

原生生物と藻類の共生は、海洋生態系において以前に考えられていたよりも空間的および分類学的にはるかに広まっています。 野外および実験室での観察から、葉緑体の一過性の隷属化から恒久的な内部共生まで、広範な宿主生物との共生が知られています。 しかしながら、自然プランクトン群集において、どの程度ホストと統合され内部共生として機能しているかはよく理解されておらず、十分に研究されていません。

サンプル

ロングアイランド島の水

シーケンス方法

ライブラリー調製:ストランド特異的RNAライブラリー

図1.赤潮現象と原因微生物。

(A)赤潮の写真。
(B)原因となる繊毛虫の光学顕微鏡像。
(C)原因となる繊毛虫がM. rubrumであることを証明する18S rDNA系統樹。

図2.地中植物のメタトランスクリプトームから構築された代謝回路マップ。この回路で強調表示されているのは、地中植物におけるヌクレオチド代謝(赤)、炭水化物代謝(青)、エネルギー代謝(紫)、脂質代謝(青)、アミノ酸代謝(黄)の経路です。
結論:

Mesodinium-farming-Teleaulaxモデルは、現在のMesodiniumに隷属化された葉緑体またはオルガネラ複合体の現在のモデルとは区別されるだけでなく、共生細胞の増殖を促進することを示し、ホストの分裂と同期することが考えられている、分裂のみが同期する従来の細胞内共生体モデルとは異なります。それぞれの場合の生態学的重要性は、今後さらに研究されるべきです。


図1 エラー率分布


X軸は各シーケンスリードのベース位置を示し、Y軸はベースエラー率を示します。


図2 GC含量の分布


リード位置を横軸に、単一塩基のパーセントを縦軸に示す。 異なる塩基を異なる色で示す。


図3 rawデータの構成


図4 転写産物と単一遺伝子の長さの分布


図5 種の多様性のクラスタリング。


図6 転写物の定量。


図7 発現差のある遺伝子のVolcano プロット

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