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Research Services

Long Non-coding RNA Sequencing

概要

Long Non-coding RNAシーケンスサービス(lncRNA-seq)はNGSを用いて、タンパク質をコードせず、複数の生物学的プロセスで調節要素として機能する、200ntを超える長さの転写産物を検出する包括的な解析です。 巧妙なライブラリー調製によって高感度のトランスクリプトームを解析し、コーディング転写産物と非コーディング転写産物の両方の遺伝子発現プロファイリングが可能となります。 バイオインフォマティクス解析では、標的転写産物の定量化と機能的濃縮は明らかにするばかりでなく、lncの読みの方向とlncRNAの標的mRNAのと調節関係も示されます。

Service Specifications

アプリケーション

  • lncRNA転写産物の発現定量
  • 遺伝子またはRNAの細胞内局在と発現
  • 遺伝子ノックアウト、lncRNA遺伝子の過剰発現などの機能検証
  • タンパク質相互作用

Novogeneの強み

  • 数多くのサンプルのプロジェクトを実施した豊富な経験。
  • Illuminaの公式ベンチマークを超えるQ30スコア≥80%が保証された卓越したデータ品質。
  • 国際的に認められた主要なソフトウェアと成熟した社内パイプラインを使用した包括的な解析で、幅広いバイオインフォマティクスのニーズに対応します。

サンプル要件

Library Type Sample Type Amount RNA Integrity Number
(Agilent 2100)
Purity
(NanoDrop)
lncRNA Library Total RNA ≥ 2 μg Animal ≥ 6.5, Plant ≥ 6, with smooth baseline OD260/280 = 1.8-2.2;
OD260/230 ≥ 1.8;
Exosomal lncRNA Library Exosomal RNA ≥ 20ng Peak between 25-200nt, FU> 10, no peak > 2000nt

シーケンスパラメーターと解析内容

 

プラットフォームタイプ Illumina Novaseq 6000
読み取り長 ペアエンド150
推奨されるシーケンス深度 参照ゲノムを持つ種について、サンプルあたり4,000万以上のリードペア
標準データ分析 データ品質管理
構造解析(選択的スプライシング(AS)及び変異の同定)
lncRNAの同定とアノテーション
発現の定量化と発現差プロファイリング
機能濃縮解析
タンパク質間相互作用(PPI)分析
lncRNAターゲット遺伝子予測

注:詳細については、サービス仕様をご参照ください。カスタマイズされたリクエストについては、お問い合わせください

プロジェクト ワークフロー

Interferon-inducible lncRNA IRF1-AS represses esophageal squamous cell carcinoma by promoting interferon response

バックグラウンド:

インターフェロン(IFN)は、がんの発生と治療において重要な役割を果たします。 ロングノンコーディングRNA(lncRNA)は、癌の進行に関与することが新たにわかってきています。 IFNに調節されたlncRNAsは免疫関連遺伝子を調節し、抗ウイルス応答に機能する可能性が示唆されています。 しかしながら、癌におけるIFNに調節されたlncRNAの役割とIFNパスウェイとの相互作用については明らかになっていませんでした。

サンプリング:

KYSE30、KYSE180、KYSE450細胞にIFN-β処理したものとそのコントロール細胞、さらにKYSE30およびKYSE180細胞においてIRF1-ASノックダウン細胞およびコントロール細胞を用いて、RNAシーケンス(RNA-seq)を行った。

シーケンス戦略

RNA-seqはIllumina HiSeq 4000を使用し、Novogene(中国)によって解析されました。

図1. ESCCにおけるIFN調節された核lncRNA IRF1-ASの同定

図2. mRNA解析の結果IRF1-ASがIFN応答を調節することが示される。 (A)IRF1-AS安定ノックダウン細胞のRNA-seq。
結論:

この研究では、IFNに調節されたlncRNAの候補(IRF1-AS、インターフェロン調節因子1アンチセンスRNA)が同定され、この分子はIFN応答の正の調節因子として機能し、インターフェロンがJAK-STAT経路を通じてIRF1-AS発現を誘導します。 さらにIRF1-ASは、ILF3(インターロイキンエンハンサーバインディングファクター3)およびDHX9(DExHBoxヘリカーゼ9)と転写活性化複合体を形成することで、共にIRF1をアップレギュレートします。 IFNシグナリング、IRF1-ASおよびIRF1間の調節ネットワークから推察すると、この関連分子は予測バイオマーカーとして有望で、またIFN応答を促進するためにIRF1-ASとIRF1間のフィードバックループをターゲットとすることが、ESCC(食道扁平上皮細胞)の新しい治療戦略になるかもしれません。

Transcriptional landscape of pathogen-responsive lncRNAs in rice unveils the role of ALEX1 in jasmonate pathway and disease resistance

緒論

植物の防御機構は多層的であり、変化する環境で生き残るために不可欠です。 ロングノンコーディングRNA(lncRNA)の発見は、多様な生物学的プロセスにおける転写後遺伝子調節の理解を劇的に広げました。 しかしながら、発現プロファイルと耐病性におけるlncRNAsの機能は、特に単子葉植物ではまだほとんどわかっていません。

サンプリングとシーケンスの戦略:

図3.実験のワークフロー

図4. Xoo感染に応答するイネlncRNAの発現プロファイル

図5. Xoo応答性lncRNAのcisターゲットのGO濃縮およびKEGGパスウェイ解析

図6. lncRNAとJA関連mRNAの調節ネットワーク。
結論

この研究では、シーケンスされたlncRNAのターゲット解析によって、Xoo感染後のジャスモン酸(JA)の蓄積に関連するlncRNAが示されました。 JA経路の生合成とシグナル伝達は、イネのlncRNA ALEX1の発現上昇によって活性化され、ALEX1は内因性JAレベルを増加させ、細菌性病原体に広範な耐性を付与します。 この研究は、イネにおける病原体応答性のlncRNAの発現を明らかにし、植物病害抵抗性の調節におけるlncRNAとJA経路の間の繋がりについて新しい洞察を与えました。

Effects of long term antiprogestine mifepristone (RU486) exposure on sexually dimorphic lncRNA expression and gonadal masculinization in Nile tilapia (Oreochromis niloticus)

緒論

臨床中絶薬であり潜在的な内分泌かく乱物質である、ミフェプリストン(RU486)は、プロゲスチンとグルココルチコイド受容体に結合し、生殖生理学において複数の機能的重要性を持っています。 RU486の長期暴露は雌魚の男性化をもたらしましたが、エピジェネティックな全体像はまだ明らかになっていません。

サンプリング:

すべての処理は、通気された真水での孵化(dah)後5日から開始され、50%の水を毎日交換しました。 魚には、RU486と混合した市販の食事(500μg/ g、Sigma)を毎日与えました。 120ダー(?ミスタイプ?)、5尾のコントロールと15尾のRU468処理グループからのRNA調整のために各2つの性腺を用いて調整しました。

シーケンス戦略:

Illumina Hiseq 2000プラットフォームと100 bpペアエンドリードを用いて解析しました

「図7. CNCI *、PFAM **でフィルターをかけ、およびCPC ***でアセンブリを行った。* CNCI:Coding-Non-Coding-Index、PFAM **:Pfam Scan、CPC ***:Coding Potential Calculator

 

図8.ティラピアの性腺lncRNAの分類

図9. RU486処理下で発現が異なるlncRNAの変動

結論:

長期間のRU486曝露は、遺伝的に雌の魚の性転換を部分的に後成的調節を介して、雌特異的lncRNAの発現を阻害し、同時に雄特異的lncRNA遺伝子を増強することにより誘発します。機能解析によるさらなる調査は、遺伝子ノックアウトおよび過剰発現技術により、RU486によるXX雌魚の性転換のlncRNAの関与のエピジェネティックなメカニズムを明らかにするために重要です。


選択的スプライシング解析


lncRNAの同定


グループ比較


トランスクリプト定量化のVolcanoプロット


mRNAのクラスター解析


lncRNAのクラスター解析


TUCPのクラスター解析