お問い合わせは こちら
皆様の研究の ニーズに関して お気軽にご相談ください
Research Services

Small RNA Sequencing

概要

Novogeneは、特にmicroRNA(miRNA)転写産物について、長さが18〜40 ntのノンコーディングRNAの調節ネットワークを検証包括的な検証を行うために、Small RNAシーケンスサービス(sRNA-seq)を提供します。 miRNAの変動は、遺伝子サイレンシングや遺伝子発現の転写後調節と相関関係があります。このことでこれまでにない感度と高解像度でmRNAの標的調節を明らかにする方法を研究者に提供します。 sRNA-seqのバイオインフォマティクス解析は、miRNAの発現差解析、構造変化、および新規のsmall RNAの同定をハイスループットに行います。

Service Specifications

アプリケーション

  • small RNA転写産物の発現定量。
  • 遺伝子ノックアウト、miRNA遺伝子の過剰発現などの機能検証
  • 高度な解析:miRNAターゲット遺伝子検証。
  • 高度な解析:ウイルスsiRNAの同定
  • 高度な解析:piRNAの同定と発現の定量

Novogeneの強み

  • 数千のサンプルを解析した豊富な経験。
  • Illuminaの公式ベンチマークを超えるQ30スコア≥85%が保証された卓越したデータ品質。
  • 国際的に認められた主要なソフトウェアと成熟した社内パイプラインを使用した包括的な解析を用いて、幅広いバイオインフォマティクスのニーズに対応します。
  • 調節ネットワーク解析のための、small RNAとmRNAの両方の発現レベルの相関解析を無償で提供します。

サンプル要件

 

Library Type Sample Type Amount RNA Integrity Number
(Agilent 2100)
Purity
(NanoDrop)
Small RNA Library Total RNA ≥ 2 μg Animal ≥ 7.5, Plant ≥ 7, with smooth baseline;
OD260/280 = 1.8-2.2;
OD260/230 ≥ 1.8;
Exosomal Small RNA Library
Exosomal RNA
≥ 20ng
Peak between 25-200nt, FU> 10, no peak > 2000nt

 

シーケンスパラメーターと解析内容

プラットフォームタイプ Illumina Novaseq 6000
読み取り長 シングルエンド50
推奨されるシーケンス深度 参照ゲノムを持つ種について、サンプルあたり1,000万以上のリードペア
標準データ解析(miRNA)
データ品質管理
長さ分布の解析
共通および特定のシーケンスの概要
miRNAの同定と特性評価
miRNAの分類とアノテーション
定量化と発現差解析
機能濃縮解析

注:詳細については、サービス仕様をご参照ください。カスタマイズされたリクエストについては、お問い合わせください

プロジェクト ワークフロー

Spliceosome disassembly factors ILP1 and NTR1 promote miRNA biogenesis in Arabidopsis thaliana

緒論

miRNAは、主に転写後遺伝子サイレンシング(PTGS)を仲介する内因性の小さな非コードRNAです。 イントロンラリアットスプライソソーム(ILS)複合体は真核生物の間で高度に保存されており、その分解は標準的なスプライシングサイクルの終わりを示します。 しかし、スプライソソーム関連タンパク質と植物のILS複合体によるmiRNA生合成の調節については、まだはっきりと明らかになっていません。

サンプル

Small RNAライブラリー:Col-0またはilp1-1変異株の3週齢のトランスジェニック株の花序組織
mRNAライブラリー:トータルRNAは、一定の白色光の下で生育した7日目の苗から単離されました。

シーケンス方法

1. TruSeq Small RNA Library Preparation Kit、SE50、Illumina Hiseq 2500を使用
2.ストランド特異的mRNAライブラリ、Illumina Hiseq X Tenプラットフォームを使用した2×150 bpリード

図1. ilp1-1株とntr1-1株の間で著しく影響を受けた選択的スプライス部位の概要といくつかの例
結論:

この研究は、シロイヌナズナにおいて、ILS複合体の2つの保存された分解因子、Polyploidy1-1D(ILP1)およびNTC関連タンパク質1(NTR1)のレベルの増加が、 MIRNA(MIR)遺伝子の転写伸長を促進することにより、microRNA(miRNA)の生合成を積極的に調節することを示しています(図1、2)。 ILP1とNTR1は安定した複合体を形成し、シロイヌナズナゲノム全体でmiRNA(pri-miRNA)のいくつかの一次転写産物を含む、100を超える遺伝子の選択的スプライシングを共調節します(図3、4)。 これらの結果は、miRNAの生合成におけるスプライソソーム機構の調節の役割へのさらなる洞察を提供します。

Integrated miRNA-mRNA analysis reveals regulatory pathways underlying the curly fleece trait in Chinese tan sheep

緒論

タン羊は、その美しいカーリーフリースで有名な中国先住民の品種です。 この羊の品種の特徴である顕著な品種の1つは、子羊と成羊の間でちぢれ具合の程度が著しく異なることですが、この変化を制御する分子メカニズムはまだ十分に理解されていません。 この研究では、タン羊間でmiRNA-seqを用いて、2つの段階で49の異なる発現(DE)のマイクロRNA(miRNA)を特定し、このデータを以前の抑Suppression Subtractive Hybridization cDNA(SSH)ライブラリー研究のデータと組み合わせて,カーリーフリースの形成のもとになるメカニズムを解明しました。

サンプル

皮膚組織は、4匹の中国の黄褐色の羊(1か月齢の子羊2頭と48か月齢の成羊2頭)の肩から採取されました。

シーケンス方法

Illumina HiSeq 2500/2000プラットフォームで解析し、NEBNext® Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina®でライブラリー調製を行いました。

図2.子羊と成羊の間のmiRNA発現差の解析。

表1子羊(L)と成羊(A)のグループ間で発現が異なるmiRNA。

miRNA L_readcount A_readcount Log2 Fold Change P-Value P-Adj
oar-miR-148a 67, 574.96753 231, 061.6487 -1.7737 1.00E-09 0
oar-miR-136 19.75893919 88.81995869 -2.1684 6.98E-10 2.81E-09
oar-miR-150 50.50740147 235.578046 -2.2216 3.78E-11 4.18E-11
oar-miR-29a 867.6115945 5480.855957 -2.6593 1.00E-09 0
novel_459 0 20.61202625 -5.3654 3.82E-06 1.82E-05

図3.遺伝子オントロジー(GO)解析。

KEGG Pathway Count P-Value Corrected P-Value
Metabolic pathways 180 0.894548594 0.984724863
Pathways in cancer 66 0.179111564 0. 939563595
PI3-Akt signaling pathway 64 0.39499336 0. 939563595
HTLV-I-Infection 50 0.192543289 0.895292925
Phagosome 45 0. 0017584833 0.480065813
Protein processing in endoplasmic reticulum 43 0.007929522 0.545550536
Regulation of actin cytoskeleton 43 0.245615216 0.939563595
MAPK signaling pathway 42 0.630365388 0.939563595
Tuberculosis 41 0.051840799 0.750257819
Ras signaling pathway 41 0.474634575 0.939563595
Viral carcinogenesis 39 0.270545221 0.947474735
Transcriptional misregulation in cancer 37 0.104993737 0.779793658
Influenza A 37 0.185182388 0.939563595
Endocytosis 36 0.500604613 0.957112583
Epstein-Barr virus infection 35 0.270987612 0.947474735
Lysosome 33 0.01255486 0.638411076
MicroRNAs in cancer 33 0.443228539 0.939563595
Focal adhesion 33 0.531854202 0.957112583
cGMP-PKG signaling pathway 31 0.425371479 0.939563595
AMPK signaling pathway 30 0.071269601 0.779793658
表2カーリーフリースの子羊の皮膚でより高い発現を示す28種類のmiRNAの標的遺伝子が濃縮しているKEGG解析。
結論

この研究では、中国のタン羊のカーリーフリース特性におけるmiRNAの役割を検証しました。 この研究はタン羊のmRNAとmiRNAの包括的な解析を示し、カーリーフリースの発達と人間の巻き毛の形成を制御する潜在的なメカニズムについて詳細な洞察を提供しています。 結果は、カーリーフリースとカーリーヘアの発育の根底にある分子メカニズムを解明するための重要な手がかりを提供しています。

Uncovering anthocyanin biosynthesis related microRNAs and their target genes by small RNA and degradome sequencing in tuberous roots of sweetpotato

緒論

紫果肉サツマイモ(PFSP)は、その塊根に豊富なアントシアニンが蓄積しているため、機能性食品開発に望ましい資源です。 いくつかの研究では、miRNAを介した発現調節が植物のアントシアニン生合成に重要な役割を果たすことを示しています。 しかし、サツマイモの塊根でのアントシアニン生合成に関連するmiRNAとそれに対応する機能はほとんど知られていませんでした。

サンプル

WFSP(Xushu-18)およびPFSP(Xuzishu-3)の塊根から抽出されたトータルRNA

シーケンス方法

NEBNext® Multiplex Small RNA library Prep Set for Illumina®を用いてライブラリー調製を行い、IlluminaHiseq 2000プラットフォームでシーケンスを実施しました。

図4 XS-18およびXZS-3で特異的に発現するmiRNA。

図5 発現差のあるib-miRNAによって調節される標的遺伝子のKEGGパスウェイ解析。
結論

解析の結果は、サツマイモにおけるアントシアニンの蓄積に関連するmiRNAの包括的な発現プロファイリングを示し、塊茎作物におけるmiRNAによって制御されるアントシアニン生合成の調節ネットワークを理解するための重要な手がかりを提供しました。 私たちの研究結果は、アントシアニン固有のmiRNAとそのターゲットに関する包括的な情報、さらにサツマイモのアントシアニン生合成におけるmiRNAのメカニズム研究の起点を提供しました。


sRNAの長さの分布


sRNAの分類


miRNA構造


miRNAベースのバイアス


TPMボックスプロット


TPM密度分布


階層クラスター解析