シングルセルシーケンスは、バルクシーケンスと比較して、細胞の多様性について完全な複雑性を明らかにします。主に、珍しい細胞タイプ、細胞系列の関連性、ヘテロな性質のサンプルの研究に関連する複雑さを解決するために採用されます。詳細なシングルセルシーケンスを行うことで、個々の細胞の細胞機能を簡単かつ効率的に探索することができます。
ノボジーンは、10xGenomics ChromiumシステムとIllumina NGSプラットフォームを組み合わせることで、シングルセル遺伝子発現、シングルセル免疫プロファイリング、シングルセルATACを含む、高品質なエンドツーエンドシングルシーケンスソリューションとサービスを提供しています。ノボジーンは、10x Genomicsの認定サービスプロバイダーとして、お客様の研究を効率的かつ正確にサポートします。
アプリケーション
- シングルセル遺伝子発現: ヘテロな細胞集団から各細胞における細胞の異質性、新規ターゲット、バイオマーカーをプロファイリングします。
- シングルセル免疫プロファイリング: 単一細胞から、全長、ペアB細胞もしくはT細胞レセプター、抗原特異性、および遺伝子発現を解析します。*
- シングルセルATAC: クロマチンアクセシビリティをシングルセルレベルで解析し、細胞の種類や状態、遺伝子制御機構の理解を深めることができます。*
*: AMEA（アジア太平洋、中東、アフリカ）のみで使用可能です。
利点
- シングルセルシーケンスは、ヘテロな細胞サンプルにおけるトランスクリプトームの多様性を明らかにすることを意図しています。3‘および5’遺伝子発現に関するより深い洞察を提供し、シングルセルの解像度で細胞の違いを特徴づけます。
- ノボジーンは、この分野での最新技術、10x Genomics ChromiumシステムおよびIllumina NGSプラットフォームを活用したシングルセルシーケンスソリューションのエンドツーエンドパッケージを提供しています。ハイスループット、高精度のシングルセルシーケンスサービスを、迅速な納期でご提供します。
仕様：サンプル要件
| シングルセル懸濁液 | |
| シングル核懸濁液* | 新鮮細胞* *凍結細胞** |
| AMEAでのサービス仕様(アジア太平洋、中東、アフリカ） | |
注）10x SingleCell シークエンスサービスは、アメリカおよびAMEAのみでのご提供となります。各地域のサービス仕様をご参照いただくか、弊社営業までお問い合わせください。
仕様：シーケンスおよび解析
| シーケンスプラットフォーム | イルミナNovaSeq 6000 シーケンスシステム | |
| リード長 | PE 150bp | |
| 推奨データ量 | サンプルあたり生データで150Gb〜 | |
| データ解析内容 |
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仕様：シーケンスおよび解析
サンプル調製、ライブラリー調製、シーケンス、データQCから、バイオインフォマティクス解析まで、ノボジンは高品質でプロフェッショナルなサービスを提供します。各ステップは、高い科学水準と綿密な設計に則って実施され、高品質の研究成果を保証します。
デモデータ
Figure 1 The t-SNE and UMAP plots
Note:Each point represents a cell, and each color designates a cluster. For visualization purposes, dimensionality was further reduced to 2D using t-distributed stochastic neighbor embedding (t-SNE) and uniform manifold approximation and projection (UMAP). Both of them try to find a low-dimensional representation that preserves relationships between neighbors in high-dimensional space. Compared to t-SNE, the UMAP visualization tends to have more compact visual clusters with more empty spaces between them.
Figure 2 Expression Pattern of Marker Genes
Note: Darker red represents a higher expression level, and darker blue dictates a lower expression level. Heatmaps show the expression of indicated marker genes for given cells and features. In this case, we plotted the top 10 markers (or all markers if less than 10) for each cluster.
Figure 3 Expression Level of Marker Genes
Note: The X-axis represents the cluster, and the Y-axis represents the expression level. Violin plots show the relative expression levels of marker genes among all clusters. (Only six marker genes are shown here)
その他のサービス
