シングルセルシーケンスは従来、ショートリードシーケンスで実施されてきました。ショートリードシーケンスは、シングルセルの遺伝子発現に関する洞察を得るには効果的であるが、選択的スプライシング、スプライシング制御、トランスクリプトームの複雑性、アイソフォームの多様性に関する情報を得るには不十分であった。
ロングリードシーケンスをシングルセルアッセイに組み込むことで、従来のショートリードシーケンス手法に見られたこの欠点に対処することができます。この統合により、複雑な構造変異の同定、転写産物全体の選択的スプライシングイベントの包括的な探索、細胞タイプの特異的mRNAアイソフォームの発現をシングルセルレベルで可能にし、分子メカニズムへの洞察を提供します。
アプリケーション
- RNA転写物のアイソフォームレベルの遺伝子発現
- 異なるアイソフォーム、選択的スプライシング、融合遺伝子などの解析
- シングルセルレベルでの健康、発生、疾病に関連する転写産物アイソフォームの特徴解析
* : AMEA（アジア太平洋、中東、アフリカ）のみ
サンプル要件
| サンプルタイプ | サンプル量 | 濃度 | その他 | 保存条件 |
| Single cell suspension* | ≥ 1,000,000 | ≥500,000 cells/mL |
Cell viability: >80% Cell size: <30 μm |
– |
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cDNA from 10x GEM |
≥ 50 ng | ≥ 2 ng/ul | Peak Size: 1-1.8 kb | < 2 months under -20℃/-80℃ |
* サンプル要件の詳細については、営業にお問い合わせください。
仕様：シーケンスおよび解析
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プラットフォーム |
ナノポア PromethION |
イルミナ NovaSeq PE150 |
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比較 |
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リード長 |
リード長の中央値：~700-1000 bp |
ペアエンド 150 bp |
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推奨データ量 |
1 PromethION cell ~100M 総リード/cell |
50,000 ペアリード/cell 1-120 Gb |
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データQC 標準解析 |
Wf-single-cell
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Cell Ranger
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標準解析 |
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プロジェクトワークフロー
サンプル調製、ライブラリー調製、シーケンス、データ品質管理からバイオインフォマティクス解析に至るまで、ノボジーンは高品質の製品とプロフェッショナルなサービスを提供しています。各ステップは、高い科学的水準と綿密な設計に基づき実施され、質の高い研究成果をお約束します。
シングルセル ロングリードトランスクリプトームの注目の論文
デモデータ
Fig1. wf-single-call 診断プロット
A.A. KneeプロットはRNA-seqデータのQCで用いられ、無効な細胞をフィルターするために使用される手順を示しています。X軸はリード数でランク付けされた細胞、Y軸はバーコードごとのリード数を表します。縦の破線はカットオフを示しています。この線より右側の細胞は、死細胞や空の液滴からのバックグラウンドを含む無効細胞であると想定されます。B. 遺伝子サチュレーション： デプスの関数としての細胞あたりの遺伝子。C. UMIサチュレーション： リードデプスの関数としての細胞あたりのUMI。D. シーケンスサチュレーション： この指標は、以前に観察されたUMIから得られたリードの割合を示す指標であり、次の式で計算されます。： 1 -（ユニークUMI数/リード数）。
Fig2. UMAPプロット (A)グループの統合 (B) 個別グループ化
UMAP プロットは、ショート リードとロング リードの両方のシーケンス データにおける細胞アノテーション グループ化結果で高い一貫性を示しています。
Fig3. 変動遺伝子バイオリンプロット
この図には 4 つのマーカー遺伝子が表示されています。 x 軸はクラスター数を表し、y 軸は遺伝子の平均発現レベルを表します。
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